تأسست جامعة باموكالة كإحدى الجامعات الحكومية العامة في جنوب غرب تركيا. تاريخها يعود إلى عام 1957 عندما تأسست مدرسة تخريج المعلمات. في عام 1976، تم تحويلها إلى معهد للتربية، وفي 20 يوليو 1982 تم تطويرها إلى المعهد العالي للتربية والذي يرتبط بجامعة 9 ايلول. في عام 1989، بدأت الجامعة في تقديم برنامج تعليمي لمدة أربع سنوات. في 10 نوفمبر 1992، تأسست جامعة باموكالة ككيان مستقل، وتم بعدها إضافة وتأسيس العديد من الكليات والمعاهد تحت مظلة الجامعة.